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Circulating free DNA羥甲基化解決方案

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應用案例

 

提供cfDNA羥甲基化解決方案

 

cfDNA (circulating-free cell DNA), 又稱循環 DNA 或無細胞DNA, 是指存在于血漿或血清的細胞外DNA

ctDNAcirculating tumor DNA)攜帶了腫瘤基因組5hmC羥甲基化信息,

并且在最近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值

 

 

完整解決方案,服務每一個項目

艾斯基因專注表觀組學10年,提供專業的DNA羥甲基化整體解決方案;

已經完成1000+例樣本cfDNA羥甲基化項目經驗;

解決從血液采集保存、cfDNA分離提取(>90%得率)

低至15ng輸入量的微量羥甲基化捕獲文庫構建,

全方位助力cfDNA羥甲基化biomarker篩選及轉化應用。

 

樣本要求

樣本類型

樣本要求

血漿/血清cfDNA

建議提供1-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

備注用封口膜密封樣品; 干冰運輸

 

 

cfDNA樣本準備注意事項

在體內cfDNA在血漿里核酸酶的作用下,不斷降解消失,

同時新的ctDNAcfDNA進入血漿中,維持一定的動態和半衰期;

抽血離體之后ctDNA會繼續降解、含量逐步減少,而來自白血細胞的cfDNA持續進去血漿,進而稀釋ctDNA濃度,降低檢測信號。

因此,在采血、血漿分離及保存運輸都會影響數據的質量

抽血及暫存注意事項

EDTA抗凝管

2-8度冰箱暫放;在8小時內低溫離心分離血漿

Streck等采血管

2-8度冰箱或者常溫暫放;在48小時內離心分離血漿

注意:全血樣本在分離出血漿之前,千萬不要冷凍保存

血漿分離

采取兩輪離心分離血漿,4℃條件下以 1600g 離心10min

4℃條件下以 16000g 離心10min

要求EDTA抗凝管采血管需要低溫條件離心;

Streck等采血管建議低溫離心,也可以常溫離心,不受到影響

保存及運輸

分離的血漿存放于-80℃冰箱保存(3年內都可以); 使用干冰運輸。

cfDNA提取產量

cfDNA的含量存在較大的波動及異質性;

一般正常人及腫瘤早期, 5-15ng/ml血漿;

腫瘤晚期或者化療等病人, cfDNA濃度顯著提高

 

為了結果的穩定性和一致性,

我們建議使用Streck等采血管替代普通的 EDTA抗凝管,

對于合作項目,艾斯基因免費提供專門的采血管!

 

未找到相應參數組,請于后臺屬性模板中添加

 

案例分析:基于血漿游離DNA5-羥甲基胞嘧啶檢測用于肝癌早期診斷

Genome-wide mapping of 5-hydroxymethylcytosines in circulating cell-free DNA as a non-invasive approach for early detection of hepatocellular carcinoma. Gut. 2019 Jul 29.

研究方案:本文研究者應用5hmc-seal技術,對2554個中國人cfDNA樣本進行了全基因組5hmC檢測, 包含1204個肝癌及392個慢性乙肝炎病毒感染或肝硬化患者和958個健康人。

研究結果:通過病例對照分析,建立了早期肝癌的診斷模型。基于巴塞羅那臨床肝癌分期系統,建立了一個32基因診斷模型,能準確地區分早期肝癌(0/a)和非肝癌,同時很好的區分早期肝癌和有CHBIC病史的高危患者(AUC=84.6%, 95%CI 85.8% to 91.1%) 此外,5hmC診斷模型似乎與潛在的混雜因素, 如吸煙/飲酒史無關。因此,這種方法在早期發現肝癌方面具有臨床應用潛力。

 

1、基于血漿cfDNA羥甲基化的肝癌早期診斷模型

 

 

2、肝癌患者cfdna5hmc-seal數據的組織相關性研究

 

 

 

3、肝癌患者cfdna中進一步評估基于5hmC的診斷模型

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